Во время войны тысячи работников компании уходили добровольцами на фронт, их места у станков занимали жены, сестры, дети. Цеха быстро перестраивались на выпуск военной продукции. Станки устанавливались без фундамента, на «лагах», позволявших производить их демонтаж и перестановку в течение нескольких часов. Когда фашистские войска были уже на подступах к Ростову, рабочие выпускали продукцию для фронта и одновременно возводили оборонительные сооружения и бомбоубежища.

13 октября 1941 года начался демонтаж оборудования и отправка его в Ташкент. Эвакуация стала титанической работой. Вся территория предприятия превратилась в сплошной поток движущихся грузов, которые доставляли с помощью лебедок, катков, авиации. Более 3500 вагонов потребовалось для эвакуации оборудования. 19 октября 1941 г. в Среднюю Азию выехала последняя группа работников во главе с директором Титаренко М.М.

Для размещения Ростсельмаш в Ташкенте были предоставлены площадки в разных частях города. Этого было недостаточно, и часть оборудования пришлось отправлять в г. Чирчик в 60 км от Ташкента. Так, в Узбекистане образовалось 4 филиала Ростсельмаш — 3 в Ташкенте и 1 в Чирчике.

На 33-й день после прибытия оборудования в Ташкент предприятие снова начало выпускать продукцию для фронта. Монтаж станков и конвейеров шел под открытым небом или в наскоро приспособленных сараях и других помещениях. На 35-й день непрерывной работы был выплавлен первый чугун. За 3 месяца на пустом пространстве площадью 12 тыс. кв. м выросли цеха. Ростсельмаш давал фронту корпуса мин калибра 82 мм, боеголовки к снарядам РС (катюша), фугасные авиабомбы (ФАБы) 50 кг, 100 кг и 250 кг. После Великой Отечественной войны на базе оборудования и оставшихся специалистов Ростсельмаш в Ташкенте появился завод Таштекстильмаш, который сегодня является ведущим предприятием в экономике Узбекистана. В Чирчике действует отдельный металлургический завод, снабжающий металлом практически весь Узбекистан.

14 февраля 1943 года войска Южного фронта освободили Ростов-на-Дону. Город лежал в руинах, в том числе Ростсельмаш и его поселки, которые фашисты планомерно взрывали восемь суток перед сдачей города. Материальный ущерб, нанесенный предприятию, составил свыше 180 млн. сталинских полновесных рублей.

23 февраля, на 10-й день освобождения, в разрушенном Ростове начали работать первые 33 станка Ростсельмаш. Одновременно развернулась подготовка и по выпуску военной продукции, организован ремонт танков, тракторов, автомашин. Для восстановления пришлось расчистить 150 тысяч кубометров завалов, уложить 21 млн. кирпичей, 37 тысяч кубометров бетона, смонтировать 8 тысяч тонн металлоконструкций, уложить 185 тысяч кубометров кровли. За короткое время было введено в действие 145 000 кв. м. производственных площадей.

Пока шло интенсивное восстановление предприятия, сельмашевские специалисты А.А. Красниченко, В.В. Прошунин и И.И.Попов создали конструкцию комбайна «Сталинец-6», а 30 апреля 1947 года в цехе уборочных машин были собраны первые комбайны этой модели. Ее разработчики стали лауреатами Сталинской премии. В ноябре 1948г. Ростсельмаш полностью восстановлен. В этом году выпущено 7190 комбайнов, а уже через год, в 1949г. предприятие превзошло довоенный уровень производства. Всего выпуск комбайнов в четвертой пятилетке (1946-1950 гг.) составил 34114 штук.